在区分重大责任事故与自然事故的时候，应当从以下两个方面考察：

（1）是否存在违章行为，自然事故的引起往往与违章行为无关。在没有违章行为的情况下可以排除重大责任事故。
（2）是否存在着主观过失，自然事故的引起是超出人们的主观意志的，属于意外事件与不可抗力。在司法实践上，造成了重大损害结果，并非都属于重大责任事故，只有在排除自然事故的情况下，根据行为人的主观与客观情况，才能认定其行为是否构成重大责任事故罪。